In 1993 heeft mw. C.N.W.M. Glaudemans een inventaris vervaardigd.

Tijdens de inventarisatie bleek het niet mogelijk om de indeling van het archief te laten aansluiten bij enige oude ordening, omdat een vaste ordeningsmethode ontbrak.
Bij de huidige indeling is uitgegaan van de wijze waarop de administratie van het gasthuis is verzorgd. Behalve de boekhouder, die de financiële administratie voor de jaarlijkse eindcontrole verzorgde, was een aparte administrateur van de landen en de tienden van het gasthuis aangesteld. De administrateur verantwoordde in zijn rekeningen de wijze waarop het vermogen van het gasthuis werd beheerd. De stukken betreffende zijn administratie zijn daarom bij het onderwerp "Eigendommen en vermogensbeheer" opgenomen. De financiële stukken, die samenhangen met de behartiging van een bepaalde aangelegenheid, zoals uitgaven voor de huishouding, zijn bij het desbetreffende onderwerp geplaatst. Voor deze ordening is gekozen, omdat anders de stukken van iedere zaak, die financiële gevolgen heeft, onder "Financiën" kunnen worden geplaatst, het onderwerp "Financiën" zou dan een overvollen vergaarbak worden.

Een deel van de aanwezige jaarrekeningen zal als rendantexemplaren hebben gefunctioneerd. Slechts in een enkel geval is dit ook te bewijzen. Zo is genoteerd dat één van de dubbele rekeningen uit 1533-1534 "rendant". * 
Deze katern kon niet worden afgezonderd, omdat die in een band met rekeningen zonder deze aantekening is ingebonden. Besloten is de overige rekeningen, waarvan geen bewijs voorhanden is dat ze rendant-exemplaren zijn, aan te merken als rekeningen van het gasthuis.
Een aantal stukken betreffende het Merula-weeshuis zijn met de archivalia van het Catharinagasthuis vermengd geraakt. Deze stukken zijn volgens het herkomstbeginsel *  teruggebracht tot het archief van het weeshuis. De rekeningen en obligaties van het Catharinagasthuis, die in het stadhuis hebben berust, zijn weer verenigd met het gasthuisarchief.
De notulen over de periode 1977-1983 zijn afkomstig van A.A. de Kievit, de voormalige penningmeester van het gasthuis. Dit zijn niet de vastgestelde exemplaren van het bestuur van het gasthuis, deze zijn nog niet overgedragen. Te zijner tijd moeten deze worden vervangen door die van het bestuur.
De middeleeuwse stukken van het gasthuis, die nog slechts in afschrift via de studie van Van Alkemade zijn te raadplegen, zijn ten behoeve van onderzoekers ook in deze inventaris vermeld.