Vanwege ruimtegebrek in het oude gasthuis aan het Asylplein werd aan het einde van de jaren '70 het archief van het gasthuis aan het gemeentearchief in bewaring gegeven. In 1983 besluiten de bestuursleden van het gasthuis deze bewaargeving in een schenking om te zetten, omdat zij de historische waarde van dit archief van groter belang voor de gemeenschap achtten, dan de administratieve waarde voor het Catharinagasthuis. * 
In december 1992 heeft de heer A.D. Noordermeer, administrateur van het gasthuis, afgezonderd oudere archivalia die in het dynamisch gedeelte van het gasthuisarchief waren achtergebleven. Deze stukken zijn in januari 1993 alsnog naar de archiefbewaarplaats van de gemeente Brielle overgebraht en in deze inventaris verwerkt.
Reeds in de 18de eeuw bevonden zich archivalia van het gasthuis tussen de archiefstukken van de stad. In 1777 - 1778 maakte de toenmalige Brielse stadssecretaris en latere algemeen rijksarchivaris Hendrik van Wijn een inventaris op van de archivalia, die hij aantrof in de loketkast op de zolder van het stadhuis. Hij noteerde dat er hier een belangrijke serie rekeningen van gasthuismeesters was geborgen. De serie nam een aanvang in 1473 en liep door tot 1649. Slechts twaalf rekeningen ontbraken, namelijk die over de jaren 1479-1480, 1490, 1493-1496, 1500, 1515, 1557, 1569, 1570 en 1572. * 
Uit de 15de en 16de eeuw ontbreekt een belangrijk deel van de financiële administratie, die ten tijde van Van Wijn nog wel aanwezig was. Vóór 1879 zijn deze archivalia verdwenen.

De Jager, die de inventaris van Van Wijn kende, is in dt jaar op zoek geweest naar de vroegste middeleeuwse rekeningen van het gasthuis, maar heeft ze niet meer aangetroffen. * 
Niet alleen rekeningen zijn verdwenen, ook middeleeuwse akten ontbreken. Uit de archiefbronnen bleek dat sommige middeleeuwse akten reeds in de 17de eeuw nagenoeg waren vergaan. * 
Andere akten zijn na de 18de eeuw verdwenen. Kornelis van Alkemade heeft in 1727 en 1728 tijdens zijn onderzoek voor zijn vermaarde boekwerk Beschryving van de stad Briele en den lande van Voorne verschillende middeleeuwse akten in handen gehad, waaronder de stichtingsakte van 1293. Er hingen op het moment dat hij de akte in handen had zelfs - weliswaar beschadigde - zegels aan van de Brielse schepenen. In zijn boek tekent hij over de stichtingsakte aan: "Ex originali, in pergamo, of volgens de oorspronkelyke Francyne (perkamenten) brief, zynde deze schepenbrief met 12 zegels voorzien geweest, dog nu meest verbroken". * 
Alkemade heeft van de stichtingsakte en twee 14de-eeuwse oorkonden afschriften gemaakt en deze integraal in zijn studie opgenomen. Thans resteren ons nog slechts deze afschriften. In de 19de eeuw wijst niets erop, dat de stichtingsakte nog aanwezig is. Toen J.W. Hein, president-regent van het gasthuis, in 1866 verslag uitbracht in de Brielse gemeenteraad, over het recht van regenten tot wijziging van het reglement van het gasthuis en de benoeming van bestuur en personeel, en hierbij de onafhankelijkheid van het gasthuis sedert de stichting benadrukte, citeerde hij uit het afschrift van de akte uit 1293, die hij bij Van Alkemade had geraadpleegd. * 

In 1939 is een officieel onderzoek ingesteld naar de verblijfplaats van de stichtingsakte. * 
Tot op heden is deze evenwel niet aangetroffen. Hierboven is reeds opgemerkt, dat de rekeningen van het gasthuis in 1779 op de zolder van het stadhuis waren geborgen. Ook andere archivalia van het gasthuis waren in het stadhuis ondergebracht. In het archief bevinden zich uit de periode 1723-1725 attestaties van de secretaris en de plaatsvervangend-secretaris van de stad Brielle, waarin zij overzichten geven van de obligaties, die eigendom zijn van het gasthuis en bewaard worden in het stadhuis. Ook is een lijst aangetroffen met een opgave van de obligaties ten laste van het Gemene Land van Holland en West-Friesland, die eveneens aan het gasthuis toekwamen en in het stadhuis waren geborgen. * 
Waarschijnlijk had de bewaring op deze plaats te maken met het feit, dat de boekhouder van het gasthuis een regerend burgemeester was. Het is duidelijk, dat het archief met hiaten bewaard is gebleven. Het bestuur van het gasthuis heeft hiervan de nadelen ondervonden. Van de percelen grond die in de 19de eeuw of eerder door het gasthuis zijn verworven, ontbreken verschillende eigendomsbewijzen. Diverse notarissen hebben een onderzoek naar de rechten ingesteld, maar konden de bewijsstukken niet terugvinden. * 
De opmerking in de notulen van het gasthuis van 23 januari 1967, dat er nog weinig archief van de instelling bestaat, moet evenwel als een te sombere opinie worden beschouwd. * 
Er is voldoende archiefmateriaal bewaard gebleven om de historie van het gasthuis op een bevredigende wijze te kunnen reconstrueren.